利玛窦在1610年(万历三十八年庚戌)5月11日病逝于北京，享年59岁。按照当时中国的惯例，外国人死后都要移葬澳门。但是中国的教友为了纪念利玛窦，上奏朝廷，申请赐地，下葬北京。明神宗万历皇帝破例准奏，亲赐葬地和安葬祀费，赐北京西郊“二里沟佛寺，房屋三十八间，地基二十亩，畀葬利子”“立石为文记之”(见《大西利先生行迹》)，墓碑是由顺天府尹王应麟所立。这年10月下葬时，朝廷的文武百官都参加了葬礼，非常庄严隆重。当时一位太监对于独给利玛窦葬地，曾问相国叶文忠:“诸远方来宾者，从古皆无赐葬，何独厚于利子?”叶答:“子见从古来宾，其道德学问，有一如利子者乎?姑无论其它事，即译《几何原本》一书，便宜赐葬地矣。”关于安葬时的墓地情况，《帝京景物略》有概略的记述:“玛窦卒，诏以陪臣礼葬阜成门外二里，嘉兴观之右。其坎封也，异中国，封下方而上圜，方若台圯，圜若断木。后虚堂六角，所供纵横十字文。后缘不琱篆而旋纹。……墓前堂二重，祀其国之圣贤。堂前晷石，有铭焉，曰:‘美日寸影，勿尔空过，所见万品，与时并流。’”谭元春有《过利西泰墓》一诗:“来从绝域老长安，分得城西土一棺。斫地呼天心自苦，挟山超海事非难。私将礼乐攻人短，别有聪明用物残。行尽松楸中国大，不教奇骨任荒寒。”后来还出现了一首写利玛窦的竹枝词:“天主堂开天籁齐，钟鸣琴响自高低。阜成门外玫瑰发，杯酒还浇利泰西。”
    如今的利玛窦墓，依然保留着四百多年前大致的模样，但王应麟碑早已不见踪影，墓前的螭首方座碑是后来补立的，《帝京景物略》中记述的景物也面目全非了。利玛窦作为“西学东渐”的先行者，对中西文化交流作出了很大的贡献，中国人民将永远怀念他。